吴茱萸的治疗范围广泛，其功效主要得益于散寒温中、燥湿解郁的作用。四神丸中用吴茱萸，不仅仅是为了祛寒，更是借助其性燥来祛湿。对于暴注下重、呕逆吐酸、肝脾火逆等病症，必须兼用苦寒之药以降之，如左金丸（吴茱萸、黄连）治疗肝火痰晕嘈杂等症状效果显著。另一种说法是，吴茱萸辛热，能入厥阴，与黄连相配，能引黄连入肝，一寒一热，一苦一辛，共同治疗厥阴气火有余。对于厥阴头痛，必须用吴茱萸引经。此外，吴茱萸是白豆蔻的良药伴侣，能消解宿酒。同时，本品与硫黄、大蒜研匀涂抹于腹部，可治疗小儿肾缩；与茯苓配伍，可治疗痰饮；与橘皮、附子配伍，可治疗肾气上哕。然而，吴茱萸的下气速度极快，肠虚的人服用后可能会更加严重。尽管如此，吴茱萸仍以其下气散结的功效著称，特别是对于肝郁气逆的病症有很好的疗效。医生如果善于调理肝脾，就能够更好地治疗各种疾病。无论肝、脾、胃、肠出现何种病症，只要出现腹胀、腹痛、呕恶、嘈杂、吞酸等肝郁气逆症状，都可以在对症处方的基础上加入吴茱萸1~3克，这样可以收到良好的下气散结效果。此外，吴茱萸也是外治良药之一，应用广泛，其中散寒止痛和引热（火）下行的作用尤为突出。
下腹阴冷和口吐涎沫是临证应用吴茱萸的两个指征。
一，治痰饮，每食饱或阴晴节变则发，头疼背寒，呕吐酸汁，可用吴茱萸（汤泡7次）、茯苓等份为末，炼蜜丸梧桐子大，每熟水下50丸。
二、吴茱萸研末外敷神阙穴，治疗阳痿、早泄，有较好效果。
治阳痿属厥阴肝寒，宗筋失纵者，用吴茱萸、白胡椒等份为末，取适量，用唾液调成糊状，每晩睡前敷于神阙穴，移夜除去。
治早泄，用吴茱萸、五倍子等份为末，醋调敷于神阙穴。每日1次，7日为1疗程。用药期间忌房事。
三、吴茱萸煎服，有杀虫作用。凡脏寒蛔动，腹痛剧烈者，用四逆汤加吴茱萸治之，每获效验。与乌梅丸治蛔厥相比，似有药简力专效宏的优点。
四、治阴囊湿疹，吴茱萸30克煎汤洗，一般5次可愈。
此本于《疡医大全》治绣球风方，其方为蛇床子、吴茱萸、艾叶各等量，煎水后化芒硝（约吴茱萸一半量），化尽频洗，效确。后单用吴茱萸试之，亦效。
中药
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五、吴茱萸是治疗痛经的要药。
吴茱萸、肉桂各3克，当归10克，制香附12克，常用治寒凝胞宫，阳气不化的痛经。
对平素体质虚弱，兼有气滞或血瘀的痛经患者，在对证方中加本品1.5~2克，能加强理气通经药效用。
六、以吴茱萸为主治疗小儿脑水肿，每获良效，用治成人脑积水、脑水肿，疗效亦佳。
脑积水是顽痰聚于头，利水多则伤阴，少则无效；化痰虽可，但痰无出路，疗效自慢。
吴茱萸引痰下行，温而化之，则顽痰得去，病得根治。
吴茱萸成人量用10克，常配半夏、白术、茯苓、丹参、葛根各15克，炮山甲10~15克，天麻15~20克等，并随证加减，但吴茱萸始终应用，一般连续服药1个月或数月。
七、凡由太阴及厥阴虚寒，肝气上逆于目窍而出现的眼痛、目赤、视物疲劳、昏糊等症，皆可用吴茱萸汤（吴茱萸、人参、生姜、大枣）或吴茱萸汤加味治之。
八、将吴茱萸用沸汤洗几次后入药，可防其燥烈之气伤肝肾。
九、吴茱萸，散寒酒炒，止呕黄连水或姜汁炒，治疝盐水炒，治血醋炒。
